হত্যার কারণ ও রহস্য উদ্ঘাটন
শহিদুল ইসলাম মামলা করার দুই মাস পর ২০১৯ সালের এপ্রিল মাসে তদন্ত শুরু করে পিবিআই। তখন প্রযুক্তিগত তদন্তে দেখা যায়, ২০১৮ সালের ২১ সেপ্টেম্বর (নিখোঁজ হওয়ার সময়) মার্জিয়া কান্তা ও তাঁর স্বামী শহিদুল ইসলাম শরীয়তপুরে একটি আবাসিক হোটেলে ছিলেন। এরপর ওই এলাকার সব আবাসিক হোটেলের খোঁজ নেওয়া হয়। একটি হোটেলের রেজিস্টারে দেখা যায়, তাঁরা ২১ সেপ্টেম্বর ওই হোটেলে অবস্থান করেছিলেন। এ সময় তাঁদের সঙ্গে একই হোটেলে ছিলেন শহিদুল ইসলামের বন্ধু মামুন মিয়া।
পরবর্তীকালে আরও তথ্য সংগ্রহ করে দেখা যায়, শরীয়তপুর থেকে তাঁরা পটুয়াখালীর কুয়াকাটায় চলে যান। তখন পিবিআইয়ের কর্মকর্তারা নিশ্চিত হন, মার্জিয়া কান্তা ও তাঁর স্বামী শহিদুল ইসলাম ভারতে যাননি।
প্রযুক্তিগত তদন্তে পাওয়া তথ্য বিশ্লেষণের পর ২০১৯ সালের অক্টোবরে শহিদুল ইসলামকে কুড়িগ্রাম থেকে গ্রেপ্তার করা হয়। এর তিন মাস পর ২০২০ সালের জানুয়ারিতে গ্রেপ্তার করা হয় শহিদুল ইসলামের বন্ধু মামুন মিয়াকে। পাশাপাশি কুয়াকাটার হোটেল আল মদিনার দুই মালিক মো. দেলোয়ার হোসেন ও তাঁর ভাই আনোয়ার হোসেন এবং ওই হোটেলের ব্যবস্থাপক আমির হোসেনকে গ্রেপ্তার করা হয়।