সরকার ও জাতীয় ঐকমত্য কমিশনের কার্যক্রমে পক্ষপাতদুষ্টের অভিযোগ প্রসঙ্গে শফিকুল আলম বলেন, ‘আমরা সম্পূর্ণ নিরপেক্ষ অবস্থান ধরে রাখার চেষ্টা করছি। গণ–অভ্যুত্থানে অংশ নেওয়া প্রতিটি রাজনৈতিক দলের গুরুত্ব আমাদের কাছে সমান। আমরা মনে করছি, ঐকমত্য কমিশন নিরপেক্ষ অবস্থান ধরে রাখছে। সংস্কার বাস্তবায়নে ঐকমত্য কমিশনের চলমান আলোচনা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ।’
গণ–অভ্যুত্থানে অংশ নেওয়া প্রতিটি দলের প্রতি সরকার নিরপেক্ষ দাবি করে শফিকুল আলম বলেন, ‘সবার প্রতি আমরা সমানভাবে নিরপেক্ষ। জামায়াতে ইসলামী আজকের আলোচনায় কেন অংশ নেয়নি সেটা আমরা জানি না। তবে তাদের সঙ্গে আমাদের কথা হয়েছে। আগামীকাল তারা অংশ নেবেন বলে মনে করছি।’