ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদে মন্ত্রণালয় ও বিভাগের সংসদবিষয়ক কার্যাবলি কীভাবে সম্পাদিত হবে-তা নির্ধারণ করে দিয়েছে সরকার। মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ এ-সংক্রান্ত প্রজ্ঞাপন জারি করেছে।
প্রধানমন্ত্রী, ২৫ জন মন্ত্রী এবং দুজন প্রতিমন্ত্রীর বিকল্প হিসেবে সংসদে কোন মন্ত্রী বা প্রতিমন্ত্রী মন্ত্রণালয় ও বিভাগের কার্যক্রম-সংক্রান্ত দায়িত্ব পালন করবেন-তা নির্ধারণ করে দেওয়া হয়েছে। প্রধানমন্ত্রী তারেক রহমানের অনুপস্থিতিতে জাতীয় সংসদে প্রধানমন্ত্রীর কার্যালয়-সংক্রান্ত দায়িত্ব পালন করবেন স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রী মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর। এ ছাড়া প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়, মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ এবং সশস্ত্র বাহিনী বিভাগ-সংক্রান্ত দায়িত্ব পালন করবেন স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী সালাহউদ্দিন আহমদ।
গুরুত্বপূর্ণ মন্ত্রণালয়গুলোর মধ্যে স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায় মন্ত্রণালয়ের ক্ষেত্রে মন্ত্রী মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীরের বিকল্প হিসেবে দায়িত্ব পালন করবেন প্রতিমন্ত্রী মীর শাহে আলম। রাষ্ট্রপতির কার্যালয়, জাতীয় সংসদ সচিবালয় এবং নির্বাচন কমিশন সচিবালয়ের সংসদীয় কাজের জন্য আইনমন্ত্রী মো. আসাদুজ্জামানকে বিকল্প হিসেবে রাখা হয়েছে। অর্থ মন্ত্রণালয়ের সংসদীয় দায়িত্বে বিকল্প হিসেবে বাণিজ্যমন্ত্রী খন্দকার আবদুল মুক্তাদির এবং পরিকল্পনায় থাকবেন প্রতিমন্ত্রী জোনায়েদ সাকি। এ ছাড়া বিদ্যুৎ ও জ্বালানি মন্ত্রণালয়ের ক্ষেত্রে মন্ত্রী ইকবাল হাসান মাহমুদ টুকুর অনুপস্থিতিতে প্রতিমন্ত্রী অনিন্দ্য ইসলাম অমিত দায়িত্ব পালন করবেন। অন্যান্য উল্লেখযোগ্য বিকল্পের মধ্যে রয়েছে পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রী ড. খলিলুর রহমানের অনুপস্থিতিতে প্রতিমন্ত্রী শামা ওবায়েদ ইসলাম এবং শিল্প, বাণিজ্য ও বস্ত্র মন্ত্রণালয়ের ক্ষেত্রে খন্দকার আবদুল মুক্তাদিরের বিকল্প হিসেবে প্রতিমন্ত্রী মো. শরীফুল আলমের নাম। শিক্ষা ও প্রাথমিক গণশিক্ষা মন্ত্রণালয়ের দায়িত্ব পালনে মন্ত্রী আ ন ম এহছানুল হক মিলনের বিকল্প হিসেবে প্রতিমন্ত্রী ববি হাজ্জাজকে নির্ধারণ করা হয়েছে। গৃহায়ন ও গণপূর্ত মন্ত্রণালয়ের ক্ষেত্রে প্রতিমন্ত্রী আহম্মদ সোহেল মঞ্জুর এবং স্বাস্থ্য মন্ত্রণালয়ের জন্য প্রতিমন্ত্রী এম এ মুহিত বিকল্প দায়িত্ব পালন করবেন। জনপ্রশাসন প্রতিমন্ত্রী মো. আবদুল বারীর অনুপস্থিতিতে আইনমন্ত্রী আসাদুজ্জামান এবং আইনমন্ত্রীর অনুপস্থিতিতে স্বরাষ্ট্রমন্ত্রী সালাহউদ্দিন আহমদ দায়িত্ব পালন করবেন।
এ ছাড়া মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রী বা প্রতিমন্ত্রী এবং তাদের বিকল্প হিসেবে যাদের দায়িত্ব দেওয়া হয়েছে- কোনো কারণে উভয়েই সংসদে অনুপস্থিত থাকলে মন্ত্রণালয় ও বিভাগ সম্পর্কিত কার্যক্রম কীভাবে সম্পাদিত হবে তা-ও নির্ধারণ করে দেওয়া হয়েছে। প্রজ্ঞাপনে বলা হয়েছে, ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদে দায়িত্বপ্রাপ্ত এবং বিকল্প দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রীর যুগপৎ অনুপস্থিতিতে অর্থ মন্ত্রণালয় এবং পরিকল্পনা মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রী আমির খসরু মাহমুদ চৌধুরী এবং তাঁর অনুপস্থিতিতে স্বরাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ের দায়িত্বপ্রাপ্ত মন্ত্রী সালাহউদ্দিন আহমদ জাতীয় সংসদে নিজ দায়িত্বের অতিরিক্ত হিসেবে সংশ্লিষ্ট মন্ত্রণালয় ও বিভাগের প্রশ্নোত্তর প্রদান এবং সংসদ সম্পর্কিত কার্যাবলি সম্পাদন করবেন।