ছয় দফা দাবিতে ছাত্রদের বিক্ষোভের মুখে গত বৃহস্পতিবার রাতে মহাপরিচালকের দায়িত্ব থেকে পদত্যাগ করেন আহমদ শফী। একই সঙ্গে তাঁর ছেলে আনাস মাদানীকে মাদ্রাসার শিক্ষকের পদ থেকে অব্যাহতি দেয় শুরা কমিটি। শুক্রবার বিকেলে ঢাকার একটি হাসপাতালে ইন্তেকাল করেন আহমদ শফী। পরদিন শনিবার তার মরদেহ দাফনের পর মাদ্রাসা পরিচালনার জন্য তিন সদস্যের শুরা কমিটি গঠন করা হয়। এই তিন সদস্য হলেন মুফতি আবদুস সালাম, মাওলানা শেখ আহমদ ও মাওলানা ইয়াহিয়া। এ ছাড়া জুনায়েদ বাবুনগরীকে মাদ্রাসার প্রধান শায়খুল হাদিস ও নাজিমে তালিমাতের (শিক্ষা পরিচালক) দায়িত্ব দেওয়া হয়েছে। সহকারী শিক্ষা পরিচালক করা হয় মাওলানা মোহাম্মদ শুয়াইবকে।
এর আগে গত ১৭ জুন আহমদ শফীর সভাপতিত্বে শুরা কমিটির বৈঠকে জুনায়েদ বাবুনগরীকে সহকারী পরিচালক থেকে অব্যাহতি দিয়ে শেখ আহমদকে স্থলাভিষিক্ত করা হয়।
